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Separation of the genera in the subtribe Cassiinae (Leguminosae: Caesalpinioidae) using molecular markers Acta Botanica
Acharya,Laxmikanta; Mukherjee,Arup Kumar; Panda,Pratap Chandra.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD), Inter simple sequence repeat (ISSR) and Amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were used to verify the segregation of the genus Cassia L. senso lato into three distinct genera namely Chamaecrista Moench., Senna P. Mill. and Cassia L. sensostricto Eighteen representatives of the three taxa were characterized using the molecular markers. 25 RAPD, six ISSR primers and six AFLP primer combinations resulted in the amplification of 612, 115 and 622 bands (loci) respectively. Most of the loci are found to be polymorphic, showing high degrees of genetic diversity among the different taxa studied. The dendrogram constructed on the basis of the RAPD, ISSR and AFLP data using SHAN clustering, divided Cassia L....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Cassia; ISSR; Molecular phylogeny; RAPD.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062011000100026
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Assessment of genetic diversity among Pakistani wheat (Triticum aestivum L.) advanced breeding lines using RAPD and SDS-PAGE Electron. J. Biotechnol.
Ahmed,Muhammad Farooq; Iqbal,Muhammad; Masood,Muhammad Shahid; Rabbani,Malik Ashiq; Munir,Muhammad.
Genetic diversity was assessed among 32 advanced wheat breeding lines included in the National Uniform Wheat Yield Trials (2006-07) of Pakistan using molecular (DNA) and biochemical (SDS-PAGE) markers. Of the 72 RAPD primers used for initial screening, 15 were found polymorphic. A total of 140 bands (61.4% polymorphic) were generated by the 15 random decamer primers. Genetic similarity coefficients ranged from 0.81 to 0.94 for rainfed and from 0.70 to 0.93 for the normal seeding date group. Cluster analysis using the unweighted pair group method of arithmetic averages (UPGMA) clustered the 32 advanced wheat breeding lines into one major and three small groups. Maximum level of polymorphism (90%) was observed for the primer OPA-05. Lines N9 and N11 showed...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic diversity; Molecular markers; Polymorphism; RAPD; SDS-PAGE; Wheat.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000300001
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RAPD analysis revealing polymorphism in egg parasitoids of soybean stink bugs (Hemiptera: Pentatomidae) Anais da SEB
Aljanabi,Salah M.; Loiácono,Marta S.; Lourenço,Rodrigo T.; Borges,Miguel; Tigano,Myrian S..
The solitary egg parasitoids (Hymenoptera: Scelionidae) of Pentatomidae species complex are potential candidates for soybean (Glycine max L.) integrated pest management programs in Brazil. The correct identification of species and strains of these parasitoids is necessary to implement the use of biological control. Polymerase chain reaction (PCR) was used to generate random amplification of polymorphic DNA (RAPD) from male individuals of Telenomus podisi Ashmead and Trissolcus spp. collected in a soybean field in Brasília, Brazil in 1996. The analysis of 18 primers used to screen Trissolcus spp. individuals revealed different patterns related to the species analyzed. These results indicate the potential of RAPD markers to differentiate T. teretis Johnson,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Insecta; Microhymenoptera parasitoids; Genetic variability; Molecular markers; RAPD.
Ano: 1998 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0301-80591998000300009
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Genotypic diversity among brazilian isolates of Macrophomina phaseolina revealed by RAPD Trop. Plant Pathol.
Almeida,Álvaro M. R.; Abdelnoor,Ricardo V.; Arias,Carlos A. Arrabal; Carvalho,Valdemar P.; Jacoud Filho,David S.; Marin,Silvana R. R.; Benato,Luís C.; Pinto,Mauro C.; Carvalho,Cláudio G. P..
Macrophomina phaseolina has been considered one of the most prevalent soybean (Glycine max) pathogens in Brazil. No genetic resistance has been determined in soybean and very little is known about the genetic diversity of this pathogen in tropical and sub-tropical regions. Fifty-five isolates from soybean roots were collected in different regions and analyzed through RAPD for genetic diversity. The UPGMA cluster analysis for 74 loci scored permitted identification of three divergent groups with an average similarity of 99%, 92% and 88%, respectively. The three groups corresponded to 5.45%, 59.95% and 34.6%, respectively of all isolates used. A single plant had three different haplotypes, while 10.9% of the analyzed plants had two different haplotypes. In...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; ITS; PCR-RFLP; Soybean charcoal rot.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582003000300009
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Pathogenicity, molecular characterization, and cercosporin content of Brazilian isolates of Cercospora kikuchii Trop. Plant Pathol.
Almeida,Álvaro M. R.; Piuga,Fernanda F.; Marin,Silvana R. R.; Binneck,Eliseu; Sartori,Fábio; Costamilan,Leila M.; Teixeira,Maria R. O.; Lopes,Marcelo.
Cercospora kikuchii, involved with the defoliation of soybean (Glycine max) plants, is normally associated with Septoria glycines in late season. Seventy-two isolates from different regions in Brazil, obtained mainly from purple stained seeds, showed phenotypic variation. Cercosporin content and rate of colony growth was higly variable among isolates. A strong correlation between cercosporin content and virulence was identified. Genetic variation among and within populations was evaluated based on 86 RAPD loci. The RAPD analysis clustered all isolates into seven groups. No relationship was observed between RAPD groups and geographic origin or cercosporin content. The sequence of the internal spacer regions (ITS1-5.8S-ITS2) from 13 isolates chosen according...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genotypic diversity; PCR-RFLP; RAPD; ITS sequence; Virulence.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582005000600005
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Caracterização da agressividade de isolados de Colletotrichum de maracujá amarelo com marcadores bioquímico, fisiológico e molecular Trop. Plant Pathol.
Almeida,Luiz Carlos C.; Coêlho,Rildo S.B..
A antracnose é a doença pós-colheita mais importante do maracujá amarelo, cujo agente etiológico, no Brasil, foi identificado como Colletotrichum gloeosporioides. Visando caracterizar o patógeno, foram obtidos 33 isolados de três regiões produtoras do estado de Pernambuco. Critérios morfológicos como cor de colônia, forma e dimensão de conídios, a produção de peritécio e o uso de primers específicos para C. acutatum, C. gloeosporioides e "Colletotrichum de Passiflora" permitiram identificar Glomerella cingulata patótipo 1, G. cingulata patótipo 2, Colletotrichum sp. de Passiflora e Colletotrichum sp. de maracujá amarelo. Inoculações em maracujá amarelo possibilitaram separar os isolados em dois grupos, um de agressividade alta (GA-1) e outro de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Passiflora edulis f. flavicarpa; Antracnose; Pós-colheita; RAPD; PCR.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582007000400006
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Genetic relatedness among clinical strains of Stenotrophomonas maltophilia in tertiary care hospital settings in São Paulo State, Brazil BJM
Almeida,Margarete Teresa Gottardo; Rubio,Fernando Gôngora; Garcia,Doroti Oliveira; Pavarino-Bertelli,Érika Cristina; Rossit,Andrea Regina Baptista; Bando,Silvia Yano; Silbert,Suzane; Goloni-Bertollo,Eny Maria; Soares,Márcia Maria Costa Nunes; Martinez,Marina Baquerizo.
Stenotrophomonas maltophilia is a Gram-negative bacillus, which is becoming widely recognized as an important nosocomial pathogen. The main objective of this study was to evaluate the genetic relatedness, by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of 86 clinical isolates of S. maltophilia (colonization 22, infection 64) obtained from 79 hospitalized patients, from different geographic regions of São Paulo State. The genotypic analysis performed by RAPD and PFGE was used in 24 isolates for genetic identity confirmation. The results were congruent between the two methods but it was not possible to link genetic profiles with the studied variables, clinical state and geographic area, probably due to the great...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Stenotrophomonas maltophilia; RAPD; PFGE.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822007000200017
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Diversidade genética molecular entre cultivares e híbridos de Brachiaria spp. e Panicum maximum Ciência Rural
Almeida,Mariana Castro da Costa; Chiari,Lucimara; Jank,Liana; Valle,Cacilda Borges do.
A utilização de marcadores moleculares pode servir para direcionar cruzamentos, confirmar novos híbridos e identificar genótipos para fins comerciais. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre cultivares e híbridos de Brachiaria spp. e Panicum maximum usando marcadores moleculares do tipo RAPD (Polimorfismos de DNA amplificados ao acaso). Foram 22 genótipos analisados com 10 primers, os quais amplificaram 178 fragmentos polimórficos de DNA, que foram usados para estimar a similaridade genética por meio do coeficiente de Jaccard. Os valores de similaridade obtidos variaram de 0,066 a 0,841. A estrutura genética entre todos os genótipos estudados foi estimada pelo método UPGMA (Método de agrupamento com médias...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Brachiaria spp.; Forrageiras; Marcadores moleculares; Panicum maximum; RAPD.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011001100024
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Detecção da divergência genética em somaclones da cultivar de arroz IAC 47 utilizando marcadores RAPD. Infoteca-e
ARAÚJO, L. G. de; PRABHU, A. S.; FILIPPI, M. C.; CHAVES, L. J..
Dezessete somaclones de arroz de terras altas da cultivar IAC 47 com diferentes tipos de planta e reação de resistência ou suscetibilidade à brusone nas folhas foram utilizados para análise de divergência genética com marcadores RAPD. Dois somaclones (SC02 e SC04) foram resistentes a três isolados de Pyricularia grisea provenientes de somaclones da cultivar IAC 47 no campo, enquanto a cultivar IAC 47 foi suscetível. O estudo da herança de dois tipos de plantas distintas, um com folhas eretas verde-escuras e outro com folhas decumbentes verde-amarelo, mostrou que um gene dominante controla o tipo de planta. Dos 32 primers utilizados, OPA02 e OPD02 amplificaram bandas polimórficas entre somaclones que apresentaram folhas eretas verde?escuras e folhas...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise molecular; Variação somaclonal; RAPD; Cultivar; IAC 47.; Arroz; Brusone; Cultura de Tecido; Oryza Sativa..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/205534
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Direct RAPD evaluation of bacteria without conventional DNA extraction BABT
Araújo,Welington Luiz; Angellis,Derlene Attili de; Azevedo,João Lúcio.
The present work reports successful DNA amplification of Pantoea agglomerans and Bacillus pumilus through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). For this, template DNA was obtained without conventional DNA extraction. The procedure was as follows: cultures grown for 20 hours in 5 mL LB medium were centrifuged and the resulting preparation was suspended in TE buffer. After boiling, the cell suspension was diluted and 2.0 µl were used in reactions of 15 µl. The results showed no significant differences among the RAPD profile of the PCR reactions derived from the boiling and phenol extraction methods, suggesting the utilization of this method for genetic population analysis.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bacteria; Boiling method; DNA extraction; RAPD.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132004000300006
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Similaridade genética de variedades crioulas de arroz, em função da morfologia, marcadores RAPD e acúmulo de proteína nos grãos Bragantia
Areias,Rogeria Gregio de Biase Martins; Paiva,Diogo Mendes de; Souza,Sonia Regina; Fernandes,Manlio Silvestre.
Em experimentos em casa de vegetação e câmara de crescimento, estudou-se o possível aparecimento de réplicas em 20 variedades crioulas de arroz do Maranhão, mantidas no Banco Ativo de Germoplasma (BAG), do Centro Nacional de Pesquisa em Arroz e Feijão (CNPAF). As vinte variedades, divididas em seis grupos, com nomes similares e números de acessos diferentes no BAG foram avaliadas quanto à similaridade morfológica e molecular. As características morfológicas foram avaliadas e utilizadas para a construção de um dendrograma de similaridade. Após a colheita determinou-se o teor de proteína bruta dos grãos. No experimento em câmara de crescimento além das vinte variedades, utilizou-se a cultivar melhorada (IAC47). O DNA da parte aérea dessas plantas foi...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Similaridade genética; Características morfológicos; RAPD; Proteína bruta dos grãos.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052006000100004
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VARIABILIDAD GENÉTICA ENTRE GENOTIPOS PROMISORIOSDE TOMATE (Solanum lycopersicum) OBTENIDOS EN PROGRAMASDE MEJORAMIENTO FRENTE AL TYLCV Rev. Protección Veg.
Arias,Yailen; Peteira,Belkis; González,Ivonne; Martínez,Yamila; Miranda,Ileana.
Una de las alternativas más usadas en la actualidad, para el manejo de fitopatógenos, es el empleo de variedades resistentes. La disponibilidad de una amplia variabilidad genética resulta de vital importancia para el éxito de un programa de mejoramiento. Los marcadores moleculares constituyen poderosas herramientas para la caracterización de la diversidad genética. El objetivo del trabajo fue conocer la variabilidad genética entre seis genotipos promisorios de tomate obtenidos en el programa de mejoramiento genético para la resistencia al TYLCV mediante el empleo de los RAPDs. Los resultados obtenidos mostraron, de forma general, una escasa variabilidad entre los genotipos estudiados.
Tipo: Journal article Palavras-chave: TYLCV; Variabilidad genética; RAPD; Solanum lycopersicum.
Ano: 2010 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522010000300007
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Molecular characterization of Paecilomyces fumosoroseus (Deuteromycotina: Hyphomycetes) isolates Scientia Agricola
Azevedo,Andréia Cristiane Souza; Furlaneto,Márcia Cristina; Sosa-Gómez,Daniel Ricardo; Fungaro,Maria Helena Pelegrinelli.
ITS and RAPD analyses were used to investigate molecular variations within samples of Paecilomyces isolates and to resolve five morphologically atypical isolates resembling P. fumosorosus, obtained from whitefly in Northern Paraná State. The ITS4-ITS5 amplicon was 700 base pairs (bp) long in all isolates. The five isolates of Paecilomyces not assigned to species produced restriction profiles identical to all the reference strains of P. fumosoroseus. The extent of fingerprint variability observed by RAPD was sufficient to discriminate all the isolates. The genetic similarity among unidentified isolates and strains of P. fumosoroseus was even higher than that observed among reference strains of this species, allowing us to conclude that isolates CNPso-P77,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Paecilomyces fumosoroseus; Bemisia; RAPD; Biological control; Entomopathogenic fungus.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162000000400021
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Genetic and metabolic diversity of pink-pigmented facultative methylotrophs in phyllosphere of tropical plants BJM
Balachandar,D.; Raja,P.; Sundaram,SP..
Diversity of Pink-Pigmented Facultative Methylotrophs (PPFMs) in phyllosphere of cotton, maize and sunflower was determined based on differential carbon-substrate utilization profile and Random Amplified Polymorphic DNA data. Results indicate that six diversified groups of PPFMs are found in these crops. Sunflower and maize phyllosphere harbor four different groups of methylobacteria while cotton has only two groups.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Diversity; Methylobacterium; Phyllosphere; PPFM; RAPD.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822008000100017
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Genetic similarities among four species of the Plectranthus (L’Hér.) genus - DOI: 10.4025/actascibiolsci.v32i1.880 Biological Sciences
Bandeira, Juliana Magalhães; UFPel; Bianchi, Valmor João; UFPel; Rubin, Sílvia; UFPel; Peters, José Antonio; UFPel; Braga, Eugenia Jacira Bolacel; UFPel.
The Plectranthus genus comprises several species generally referred to as boldo, which are highly used in popular medicine due to their anti-dyspeptic, analgesic and digestion-stimulating properties. The amount of natural active principles can vary greatly in the related genotypes, which may lead to the inappropriate use of these plants. This work aimed to analyze the interspecific diversity among four species of the Plectranthus genus (P. grandis, P. barbatus, P. neochilus and P. amboinicus) and the intraspecific diversity of P. barbatus collected from different places in southern Brazil, by means of the RAPD technique. A higher genetic similarity was observed between the P. neochilus and P. amboinicus species (80%), followed by P. grandis and P. barbatus...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; Boldo; Genetic diversity; Medicinal plants Botânica; Genética Vegetal; Genética Molecular e de Microrganismos; Ciências Biológicas.
Ano: 2009 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/880
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Distribuição da variabilidade genética Stylosanthes macrocephala coletadas na região de cerrado e semi-árido brasileiro. Infoteca-e
BARROS, A. M.; FALEIRO, F. G.; KARIA, C. T.; SHIRATSUCHI, L. S.; ANDRADE, R. P.; LOPES, G. K. B..
bitstream/CPAC-2009/26788/1/p2005_25.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Biotecnologia; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Marcador Molecular; Variação Genética.; Genetic variation.; Biotechnology; Genetic markers.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567165
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Uso de marcadores RAPD e do sistema de informacao geografica no estudo da variabilidade genetica de Stylosanthes macrocephala. Infoteca-e
BARROS, A. M.; FALEIRO, F. G.; SHIRATSUCHI, L. S.; KARIA, C. T.; LOPES, G. K. B.; ANDRADE, R. P..
bitstream/CPAC-2009/24956/1/p2004_09.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Stylosanthes macrocepala; Feed legumes.; Biogeografia; Biotecnologia; Marcador Genético; Marcador Molecular; Leguminosa Forrageira; Sistema de Informação Geográfica; Variação Genética.; Biotechnology; Genetic variation; Geographic information systems; Biogeography; Genetic markers; Molecular biology..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567934
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Predicting performance of soybean populations using genetic distances estimated with RAPD markers Genet. Mol. Biol.
Barroso,Paulo Augusto Vianna; Geraldi,Isaias Olívio; Vieira,Maria Lúcia Carneiro; Pulcinelli,Carlos Eduardo; Vencovsky,Roland; Dias,Carlos Tadeu dos Santos.
In order to verify whether genetic distance (GD) is associated with population mean (PM), genetic variance (GV) and the proportion of superior progenies generated by each cross in advanced generations of selfing (PS), the genetic distances between eight soybean lines (five adapted and three non-adapted) were estimated using 213 polymorphic RAPD markers. The genetic distances were partitioned according to Griffing's Model I Method 4 for diallel analysis, i.e., GDij = GD+ GGDi+ GGDj + SGDij. Phenotypic data were recorded for seed yield and plant height for 25 out of 28 populations of a diallel set derived from the eight soybean lines and evaluated from F2:8 to F2:11 generations. No significant correlation for seed yield was detected between GD and GV, while...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Soybean; Genetic distance; Molecular markers; RAPD; Prediction.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300020
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Intraspecific differentiation of Chilean isolates of the entomopathogenic fungi Metarhizium anisopliae var. anisopliae as revealed by RAPD, SSR and ITS markers Genet. Mol. Biol.
Becerra Velásquez,Viviana; Paredes Cárcamo,Mario; Rojo Meriño,Carmen; France Iglesias,Andrés; Franco Durán,Jorge.
The genus Metarhizium consists of a diverse group of asexual entomopathogenic fungi, which have a wide geographical distribution. The Chilean National Agricultural Research Institute (Instituto de Investigaciones Agropecuarias - INIA, Quilamapu Chile) has collected about 350 isolates of Metarhizium anisopliae var. anisopliae from central and southern Chile. These isolates have been partially characterized using morphological traits such as conidia size and shape, colony color, growth pattern and the efficiency of the isolates in controlling specific pests. However, further characterization with molecular markers could detect differences in DNA which could help to better understand the genetic diversity and structure of Chilean populations of this fungus....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Metarhizium; Genetic diversity; RAPD; SSR; ITS markers.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000100017
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RAPD e ITS Detectan Variación Molecular en Poblaciones Chilenea de Beauveria bassiana Agricultura Técnica
Becerra V,Viviana; Paredes C,Mario; Rojo M,Carmen; France I,Andrés.
Los hongos entomopatógenos son una alternativa atractiva para el control biológico de insectos plagas. En Chile, el Instituto de Investigaciones Agropecuarias (INIA), Centro Regional de Investigación Quilamapu mantiene aproximadamente 400 aislamientos de Beauveria, colectados a través del país. Esta colección ha sido parcialmente clasificada en base a su morfología y a su eficacia como controlador biológico. Sin embargo, es necesario complementar estos estudios con una caracterización a nivel genético-molecular, para determinar el nivel de diversidad genética de Beauveria bassiana e identificar posibles patrones de bandas que permitan dicriminar entre aislamientos. En este estudio, se analizaron 36 aislamientos de B. bassiana provenientes de diversas...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Hongos entomopatógenos; Diversidad genética; RAPD; Espaciadores internos transcritos (ITS).
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0365-28072007000200001
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